La línea ferroviaria hoy cerrada tenía situado su paso por Bogajo en el punto kilométrico 30'4 de la misma, entre las estaciones de Villavieja de Yeltes y de Olmedo-Cerralbo. Las instalaciones del apeadero de Bogajo constaban de tres construcciones: el edificio principal, que era la estación propiamente dicha para uso de los viajeros; el depósito o almacén, en el que se guardaban las mercancías; y unos aseos. En el siguiente esquema puedes ver la configuración que tenía el conjunto, del que hoy en día sólo se conserva el edificio principal y el almacén de mercancías:

    Bajo estas líneas puedes observar el aspecto actual del edificio principal del apeadero, de tres pisos. La imagen grande está sacada desde el lado de las vías, y en el centro de esa fachada se encuentra el rótulo que indica que esta estación es la de Bogajo, mientras que en la fachada contraria, que da a la carretera, se veía la última chimenea que aguantó en pie. Dicha carretera, que une Bogajo con Fuenteliante, se cruza con la vía a través de un paso a nivel situado un poco más adelante de la estación en dirección hacia Fuenteliante .